Im naturwissenschaftlichen Profil lautet das Thema "Wissenschaft und Verantwortung". Dabei geht es zunächst um die Einführung in naturwissenschaftliches Arbeiten, um Möglichkeiten und Grenzen naturwissenschaftlicher Methoden und abschließend um Naturwissenschaft und Umwelt, um Risiken und Verantwortung. Bei der Festlegung des Faches Physik als Profilfach wurde sowohl das bisherige Wahlverhalten der Schülerinnen und Schüler als auch die Situation am Arbeitsmarkt bedacht. Um die Schülerinnen und Schüler in Vorbereitung auf Studium und Beruf zu befähigen, kooperativ und eigenverantwortlich zu lernen und dabei Methoden in fächerübergreifenden Zusammenhängen kritisch anzuwenden, werden verschiedene Projekte, wie z. B. Lärmschutzuntersuchungen in den Fächern Physik (Akustik) und Erdkunde (Raumplanung: Bau von Lärmschutzwällen) oder ein Molekulargenetikpraktikum (Physik/Biologie) an der Flensburger Universität durchgeführt. Die Naturwissenschaften Biologie und Chemie werden durchgehend dreistündig unterrichtet. Ergänzt wird das naturwissenschaftliche Angebot durch Informatik. Informatik wird im ersten Jahr der Qualifikationsphase unterrichtet und kann ggf. als Arbeitsgemeinschaft fortgeführt werden. Insgesamt erhalten die Schülerinnen und Schüler 9 bzw. 12 Stunden naturwissenschaftlichen Unterricht pro Woche. Englisch, eine wichtige Fachsprache auch gerade in den Naturwissenschaften, wird als Kernfach unterrichtet.
